Северо-Кавказское межрегиональное управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору является территориальным органом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, обращения лекарственных средств для ветеринарного применения, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, обеспечения плодородия почв, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных на территории Ставропольского края, Карачаево-Черкесской Республики, Кабардино-Балкарской Республики, Республики Северная Осетия-Алания, а также для реализации отдельных установленных законодательными и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации задач и функций Россельхознадзора.
Управление в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, Положением о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору, приказами и указаниями Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору.
Управление осуществляет возложенные на него полномочия непосредственно и во взаимодействии с другими территориальными органами Россельхознадзора, полномочным представителем Президента Российской Федерации в Северо-Кавказском федеральном округе, территориальными органами других федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной власти Ставропольского края, Карачаево-Черкесской Республики, Кабардино-Балкарской Республики, Республики Северная Осетия-Алания, органами местного самоуправления, общественными объединениями, организациями и гражданами.